같은 단지, 같은 평수의 아파트를 15년째 가진 두 사람이 있다. A는 그 집에 살았고, B는 전세를 주고 다른 동네에 살았다. 지금까지 두 사람이 집을 팔 때 받는 세금 혜택의 차이는 크지 않았다. 8월 3일 발표된 2026 세제개편안이 통과되면, 이 차이는 수억 원으로 벌어질 수 있다. 부동산 세금의 기준이 ‘얼마나 오래 가졌나’에서 ‘실제로 살았나’로 바뀌기 때문이다. 그 전환의 중심에 처음 등장한 제도, 장기거주소득공제가 있다.
사라지는 제도 — 장기보유특별공제와 ‘결집효과’
새 제도를 이해하려면 사라지는 제도부터 봐야 한다. 장기보유특별공제는 집을 오래 보유했다 팔 때 양도차익의 일부를 세금 계산에서 빼주는 제도였다. 근거 없는 선심이 아니라 조세 원리가 있었다. 양도차익은 10년, 20년에 걸쳐 쌓이지만 과세는 파는 해에 한꺼번에 이뤄진다. 소득세는 누진 구조라 여러 해의 이익이 한 해에 몰리면 매년 나눠 벌었을 때보다 세금이 훨씬 커지는데, 이를 ‘결집효과’라 부른다. 장기보유특별공제는 이 왜곡을 완화하는 장치였다.
그래서 보유 기간만 채우면 실거주하지 않아도 최대 40%, 실거주하면 최대 80%까지 양도차익이 공제됐고, 공제액에 한도가 없었다. 앞의 B가 전세를 주고도 상당한 공제를 받을 수 있었던 이유다.
장기거주소득공제 — 거주해야 열리고, 한도가 생긴다
장기거주소득공제는 이 문법을 두 가지 지점에서 바꾼다.
첫째, 공제의 열쇠가 ‘거주’가 된다. 10년 이상 실거주하면 양도차익의 80%를 공제받지만, 살지 않은 집에는 공제가 열리지 않는다. A는 기존과 비슷한 혜택을 유지하는 반면, B는 15년을 보유했어도 공제를 잃는다. 같은 집, 같은 기간, 다른 세금 — 이 개편의 성격을 가장 선명하게 보여주는 장면이다.
둘째, 장기거주소득공제는 무제한이던 공제에 상한도 만든다. 아무리 오래 거주해도 공제액은 10억 원(2028년부터 20억 원)까지다. A의 양도차익이 20억 원이라면 기존 제도로는 16억 원이 공제됐지만 새 제도에서는 10억 원에서 멈춘다. 차익이 클수록 상한의 무게가 커지는 설계로, 실거주자라 해도 초고가 주택의 대규모 차익은 더 과세하겠다는 뜻이다.
거주에 대한 보상도 함께 커졌다. 10년 이상 거주한 1세대 1주택(양도가액 30억 원 이하)의 양도세 기본공제는 250만 원에서 2,500만 원으로 10배 늘고, 65세 이상 고령자가 5년 이상 거주한 수도권 주택을 팔고 비수도권으로 이주하면 양도세의 30~50%(3~5억 원 한도)를 감면받는다. 채찍과 당근이 모두 ‘거주’를 향해 있다.
종부세 — 같은 1주택인데 과세 출발선이 5억 갈린다
매년 내는 보유세도 같은 방향으로 재편된다.
가장 큰 변화는 1세대 1주택 기본공제의 분리다. 실거주 주택은 공제가 12억 원에서 14억 원으로 늘지만, 실거주하지 않는 1주택은 9억 원으로 줄어든다. A와 B의 과세 출발선이 5억 원 벌어지는 것이다. 매년 반복되는 보유세에서의 격차이니, 팔 때 한 번 갈리는 양도세보다 체감은 더 빠를 수 있다.
세율 기준도 ‘주택 수’에서 ‘주택가액’으로 바뀐다. 2019년 이후 종부세는 몇 채인지에 따라 세율이 달라졌고, 이 구조가 ‘여러 채 대신 비싼 한 채’라는 똘똘한 한 채 쏠림을 키웠다는 진단에서다. 앞으로는 채수가 아니라 보유 주택의 총가액이 세율을 정한다.
다만 실거주 1주택자도 안심할 단계는 아니다. 공시가격 중 과세에 반영하는 비율(공정시장가액비율)이 2027년 60%에서 70%, 2028년 80%로 오르고, 전년 대비 세금 증가를 막던 세부담상한도 150%에서 200%로 풀린다. 공제가 2억 늘어도 반영 비율과 집값이 함께 오르면 실제 고지서 금액은 커질 수 있다.
한편 다주택자의 양도세 중과 가산율은 2년간 한시적으로 15~20%까지 낮아진다. 보유 부담을 높이는 대신 매각의 출구를 잠시 넓혀, 처분을 유도하는 설계다.
이제 세금 계산의 첫 질문은 ‘거주 계획’이다
정부는 이번 개편으로 연간 3조4000억 원의 세수 효과를 예상하고, 그중 2조1000억 원이 부동산 세제 몫이다. 숫자보다 중요한 것은 판단 기준의 이동이다. 지금까지 주택 관련 의사결정의 세금 질문이 “몇 년 보유했나”였다면, 장기거주소득공제 이후로는 “몇 년 살았나, 살 것인가”가 된다. 전세를 주고 있는 1주택자, 실거주 없이 보유 중인 집이 있다면 이 개편의 직접 당사자다.
변수는 두 가지 남아 있다. 국회 심의에서 내용이 조정될 수 있다는 것, 그리고 종부세율·공정시장가액비율·공제 한도가 연도별로 단계 적용돼 같은 결정이라도 시점에 따라 적용 기준이 달라진다는 것이다. 제도의 방향은 정해졌지만, 각자의 계산은 시행 일정표를 옆에 두고 해야 한다.
본 글은 2026 세제개편안(정부안) 기준의 정보 제공을 목적으로 하며, 국회 심의 과정에서 내용이 변경될 수 있습니다. 개별 세무 판단은 세무 전문가와 상담하시기 바랍니다.
